Sean Huizinga voert regelmatig onderzoek naar bouwhistorische onderwerpen. Zo heeft hij verschillende bouwhistorische onderzoeken gedaan van gebouwen, een onderzoek naar de eerste Nederlandse productiekeukens door de firma Bruynzeel en een uitgebreid onderzoek over bungalows in Nederland.
Hiernaast werkt Sean Huizinga als onderzoeker voor de Technische Universiteit Delft waar hij onderzoek doet naar (modern) erfgoed en architectuur.